Projeler

Ada doğanı (Falco eleonorae), Akdeniz ve Ege kıyılarındaki sınırlı üreme kolonileri nedeniyle korunması öncelikli türler arasında yer almaktadır. Bu proje, ada doğanının beslenme ekolojisini çevresel DNA (eDNA) metabarkodlama yöntemiyle araştırmayı amaçlamaktadır. Bireylerden toplanan pelet örneklerinden izole edilen DNA, evrensel primerlerle çoğaltılarak yüksek verimli dizileme teknolojileriyle analiz edilecektir. Elde edilecek diyet verileri, türün habitat kullanımı, trofik ilişkileri ve korunma stratejilerinin geliştirilmesi için temel oluşturacaktır.

Yangınların ekosistem üzerindeki mikrobiyal etkilerini araştıran proje, toprak mikrobiyotasının yangın şiddetiyle nasıl değiştiğini ortaya koymayı hedeflemektedir. Toprak örneklerinden alınan mikrobiyal DNA dizilemeleriyle biyoçeşitlilik analizleri yapılacaktır.

Ankara Üniversitesi Beşevler 10. Yıl Yerleşkesi’nin özel ekosisteminde bulunan makro ve likenleşmiş fungus türlerine ait fungal virüslerin çeşitliliğini ve moleküler özelliklerini belirlemeyi amaçlayan bu çalışma, kent biyoçeşitliliğinin korunması ve toprak ekosisteminde önemli rol oynayan mikorizal simbiyotik etkileşimlerin daha iyi anlaşılmasına katkı sağlamayı hedeflemektedir.

Ankara il sınırlarında yer alan ve göçmen kuşlar için önemli bir sulak alan olan Mogan Sel Kapanı’nda, göç döneminde hem klasik kuş gözlem yöntemleriyle hem de çevresel DNA (eDNA) temelli moleküler analizlerle biyoçeşitlilik değerlendirmesi gerçekleştirilmiştir.

Makroskobik ve SEM görüntülerin bir arada kullanılmasıyla, yapay zeka destekli yenilikçi bir mantar sınıflandırma sistemi geliştirilmektedir. Derin öğrenme algoritmalarıyla desteklenen bu yaklaşım, geleneksel yöntemlerin yerini alarak sınıflandırma doğruluğunu artırmayı hedeflemektedir.

Trichophyton rubrum'u enfekte eden mikovirüslerin genomik yapıları ve konak mantar üzerindeki fenotipik etkileri araştırılarak, bu virüslerin hipovirülens potansiyeli değerlendirilecektir. Elde edilecek veriler, tırnak dermatofitozlarının alternatif tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine bilimsel temel oluşturacaktır.

Bu çalışma, Ankara Üniversitesi Beşevler 10. Yıl Yerleşkesi'ndeki yabanıl ve kültüre alınamayan ektomikorizal makrofungus türlerini enfekte eden fungal virüsleri tanımlamayı, moleküler özelliklerini incelemeyi ve biyoçeşitliklerini ortaya çıkarmayı hedeflemiştir.

İzole ekosistemler olan mağaralar, barındırdıkları özgün tür çeşitliliğiyle evrimsel süreçlerin izlenebileceği alanlardır. Bu çalışmada, mağaralardan alınan su, toprak ve sürüntü örneklerinden elde edilen çevresel DNA (eDNA) kullanılarak 18S, 16S V3, 12S V5 ve ITS bölgeleri üzerinden mikrobiyal, protist, hayvansal ve fungal topluluk yapıları metabarkodlama teknikleriyle analiz edilmektedir.

Bitki-pollinatör ilişkilerini moleküler düzeyde inceleyen bu proje, farklı habitatlardaki bitki türlerinin böcek çeşitliliği üzerindeki etkilerini karşılaştırarak ekosistem koruma stratejileri geliştirmeyi hedeflemektedir.

Türkiye'nin İç Anadolu Bölgesi'nde yer alan ve önemli sulak alanlar statüsünde olan Uyuz Gölü'nde, kuş (Aves) sınıfının tür çeşitliliğini eDNA metabarkodlama yöntemi ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Projede, geleneksel gözlem temelli yöntemlerin sınırlılıklarını aşmak ve invaziv olmayan bir biyolojik izleme yaklaşımı geliştirmek amacıyla, göl suyundan elde edilen eDNA örnekleri yüksek duyarlılığa sahip moleküler tekniklerle analiz edilmiştir.

Trakya bölgesindeki trüflerde bulunan mikovirüslerin çeşitliliğini ve filogenetik özelliklerini araştırarak trüflerdeki fungal virüs biyoçeşitliliğinin ortaya çıkartılması amaçlanmaktadır. Arazi çalışmalarıyla toplanan trüf mantarları morfolojik ve moleküler yöntemlerle teşhis edilip RNA virüsleri tanımlanmaktadır.

Bu proje kapsamında, Batı Anadolu kıyılarında yer alan iki önemli Tunç Çağı yerleşimi olan Liman Tepe (İzmir) ve Çeşme-Bağlararası (Çeşme) kazılarında ele geçen antik sucul kalıntıları (balık, kabuklu vb.) üzerinden antik DNA (aDNA) analizleri gerçekleştirilmiştir.

Joint Danube Survey 4 (JDS4), ICPDR koordinasyonunda Tuna Nehri havzasının ekolojik durumu ve biyoçeşitliliğini değerlendiren en geniş ölçekli izleme programıdır. Projede, Balkanlar’dan geçerek altı ülkede nehir boyunca standart bir protokolle eDNA örneklemesi yapılmış; elde edilen veriler, geleneksel yöntemlerle karşılaştırılarak nehrin biyoçeşitliliği, habitat yapısı ve ekolojik sağlığı hakkında kapsamlı bir değerlendirme imkânı sunmuştur.

Bu proje, genomik verilerin işlenmesi ve yorumlanmasına yönelik olarak yapay zeka ve makine öğrenmesi tekniklerini biyoteknolojik uygulamalara entegre etmeyi hedeflemektedir. Proje kapsamında, yüksek verimli yeni nesil dizileme (NGS) teknolojilerinden elde edilen büyük veri setlerinin analizi için özelleştirilmiş biyoinformatik iş akışları ve algoritmalar geliştirilecektir. 

Bu proje, Antarktika Yarımadası'nda yer alan mikrobiyal habitatlarda bulunan çevresel DNA (eDNA) örneklerinden elde edilecek shotgun metagenomik veriler aracılığıyla, ekstrem koşullarda işlev gören mikrobiyal fonksiyonel genlerin belirlenmesini amaçlamaktadır