eDNA Kullanılarak Balık Populasyon Büyüklüğü Tahmini: Karataş Gölü Örneği
Destekleyici: Tarımsal Araştırmalar ve Politikalar Genel Müdürlüğü (TAGEM)
Proje Durumu: Tamamlandı (2016 - 2018)
Çevresel DNA (eDNA), sucul ve karasal habitatlarda canlı organizmaların tespiti için giderek yaygınlaşan, duyarlı ve invaziv olmayan bir yöntem olarak öne çıkmaktadır. Bu proje kapsamında, eDNA analizlerinin tatlı su sistemlerindeki balık türlerinin biyokütle ve bolluk tahmini için kullanılabilirliği araştırılmıştır.
Çalışma alanı olarak seçilen Karataş Gölü’nde, ekonomik ve ekolojik açıdan önemli üç hedef tür olan Cyprinus carpio, Carassius gibelio ve Sander lucioperca'ya odaklanılmıştır. Arazi çalışmaları Şubat, Nisan, Haziran ve Eylül aylarını kapsayan mevsimsel dönemlerde gerçekleştirilmiş. Gölün üç farklı istasyonundan eDNA örnekleri toplanmış ve eş zamanlı olarak geleneksel avcılık yöntemleriyle türlerin bolluk ve biyokütle verileri elde edilmiştir. Ayrıca laboratuvar ortamında simülasyon deneyleri tasarlanarak eDNA konsantrasyonuna etki eden faktörler balık sayısı, su sıcaklığı ve maruz kalma süresi ayrı ayrı değerlendirilmiştir. Bu amaçla, 250 litrelik fiber akvaryumlarda balıklar 1, 2, 3, 6 ve 9 gün süreyle; farklı sıcaklık koşullarında (7°C, 15°C ve 25°C), farklı birey sayılarıyla (1, 5, 10, 25) tutulmuştur.Tüm deneyler sonunda toplam 192 adet su filtresi (0.22 µm) elde edilmiş ve optimize edilmiş eDNA izolasyon protokolüyle DNA ekstraksiyonları gerçekleştirilmiştir. Evrensel balık primerleri olan MiFish-U-F / MiFish-U-R kullanılarak iki aşamalı PCR uygulanmış ve her örnek için ortalama 500.000 okuma sağlayan yüksek verimli dizileme platformu kullanılmıştır. Biyoinformatik analiz sonuçlarına göre, eDNA kopya sayıları ile geleneksel yöntemlerle tahmin edilen balık biyokütlesi ve bolluğu arasında anlamlı korelasyonlar tespit edilmiştir. Hedef türlere ait biyokütle/bolluk tahminlerinde, eDNA ve geleneksel yöntemler arasında yalnızca ortalama %4’lük bir sapma gözlemlenmiştir. Bu sonuçlar, eDNA metabarcoding yaklaşımının doğal sulardaki balık populasyonlarının izlenmesinde geleneksel yöntemlere kıyasla daha hızlı, maliyet etkin ve güvenilir bir alternatif sunabileceğini göstermektedir.