İnönü Mağarası Topraklarından Antik Mikrobiyal Ekoloji ve Antibiyotik Direncinin Kökenleri

PLOS ONE dergisinde yayımlanan yeni çalışma, Zonguldak’taki İnönü Mağarası’ndan alınan 5.000 yıl öncesine ait toprak örneklerinde antik mikrobiyal toplulukları ve antibiyotik direnç genlerinin tarihsel kökenlerini ortaya koydu.

Bu disiplinlerarası araştırma, arkeoloji, mikrobiyoloji ve moleküler biyolojiyi bir araya getirerek, tarihöncesi insan faaliyetlerinin toprak mikrobiyotası üzerindeki izlerini çözümledi.

Binlerce Yıl Öncesine Uzanan Mikrobiyal İzler

Zonguldak’taki İnönü Mağarası, Anadolu’nun tarihöncesi insan topluluklarının yaşamına dair arkeolojik bulgularla biliniyor. Son araştırma ise mağaranın yalnızca kültürel kalıntılar değil, aynı zamanda toprakta saklı mikrobiyal geçmişi de barındırdığını gösterdi.

Çalışmanın çevresel DNA (eDNA) temelli moleküler analizleri, laboratuvarımız tarafından gerçekleştirildi.Ekip üyelerimizden Prof. Dr. Emre Keskin, Esra Mine Ünal ve Ayşegül Er Gökçe, mağara topraklarından elde edilen örneklerin DNA izolasyonu, 16S rRNA amplikon dizilemesi ve metagenomik analiz süreçlerini yürüttü.

Bu katkılar sayesinde, binlerce yıl önceki mikrobiyal çeşitlilik ve antibiyotik direnç genlerinin (tetA, intl1, OXA58) varlığı güvenilir moleküler verilerle ortaya kondu.

Öne Çıkan Bulgular

Antik toprak katmanlarında Acidobacteriota, Actinobacteriota, Bacteroidota, Firmicutes, Proteobacteria gibi zengin mikrobiyal topluluklar belirlendi.

Çalışma, antibiyotik direnç genlerinin yalnızca modern ilaç kullanımına bağlı olmadığını;

• tetA (Kalkolitik Çağ)

• intl1 (Erken Tunç Çağı)

• OXA58 (Geç Tunç Çağı)gibi genlerin toprakta binlerce yıl öncesine dayandığını gösterdi.

Ayrıca, Zonguldak’ta kömür kullanımının 1800’lerden çok önce, 5.000 yıl önce tıbbi amaçla başladığı kanıtlandı. Bulgular, tarihöncesi toplulukların çevresel bakterilere bağlı gastrointestinal hastalıkları kömür türevli malzemelerle tedavi ettiklerini ortaya koyuyor.

Neden Önemli?

Bu çalışma, antik toprak ekosistemlerinde saklı genetik izlerin günümüzde yaygın olarak tartışılan antimikrobiyal direnç olgusuna tarihsel bir perspektif kazandırıyor.

Antibiyotik direnç genlerinin binlerce yıl öncesine uzanan kökenleri, bu özelliğin yalnızca modern antibiyotik kullanımıyla ortaya çıkmadığını, çevresel koşullar ve insan–mikrobiyom etkileşimleriyle şekillenen doğal bir süreç olduğunu gösteriyor.

Ayrıca arkeolojik katmanlarda çevresel DNA analizlerinin kullanılması, geçmiş toplulukların hastalıklarla ilişkili mikrobiyal yüklerini ve tedavi yaklaşımlarını anlamak için güçlü bir yöntem sunuyor.

Bu bulgular, geçmişin moleküler verilerinin hem ekosistem değişimlerini hem de günümüz sağlık araştırmalarını aydınlatma potansiyelini ortaya koyuyor.

Çalışmanın tamamını okumak için; 🔗 DOI: 10.1371/journal.pone.0326358