Çalışmalarımız
eDNA ve Metabarkodlama
eDNA (çevresel DNA) ve Metabarkodlama, moleküler ekolojinin önemli araçlarından ikisidir ve doğal çevredeki biyolojik çeşitliliği araştırmak için kullanılırlar.
eDNA (Çevresel DNA)
eDNA, çevresel örneklerden toplanan DNA parçacıklarını ifade eder. Bu DNA parçacıkları, bir organizmanın dışkıları, döküntüleri, dökülmüş deri hücreleri veya salgıları gibi çevreye bıraktığı izlerden elde edilebilir. Çevrede yaşayan canlılara ait DNA'nın çevredeki su, toprak veya hava gibi çevresel materyallerde bulunması nedeniyle, eDNA analizi, bir habitatın veya ekosistemin biyolojik çeşitliliğini belirlemek için kullanılır. Bu teknik, geleneksel saha araştırmalarının yanı sıra, tehdit altındaki veya nadir bulunan türleri izlemek, habitat değişikliklerini izlemek ve çevresel etkileri değerlendirmek için de kullanılabilir.
Metabarkodlama
Metabarkodlama, çeşitli organizmaların DNA'larını belirli genetik bölgelerden (genellikle DNA barkod bölgeleri olarak adlandırılır) hızlı ve aynı anda analiz etmek için kullanılan bir moleküler tekniktir. Örneğin, belirli bir ekosistemden toplanan numunelerde bulunan çeşitli organizmaların tür düzeyinde kimliklerini belirlemek için kullanılabilir. Bu teknik, genellikle DNA barcoding veya DNA metabarcoding olarak da adlandırılır. DNA metabarcoding, geleneksel yöntemlere göre daha hızlı, hassas ve kapsamlı bir şekilde biyolojik çeşitliliği belirlemek için kullanılabilir. Bu nedenle, habitat izleme, biyolojik çeşitliliğin korunması, invazif türlerin izlenmesi ve ekosistem sağlığının değerlendirilmesi gibi çeşitli araştırma ve uygulama alanlarında yaygın olarak kullanılmaktadır.
Arazi Çalışmaları
eDNA analizlerinin ilk adımı, doğrudan doğal ortamlardan biyolojik materyallerin toplanmasıdır. Su, toprak, kar ve hava örneklerinin yanı sıra hayvanlardan geride kalan dışkı, tüy, deri ve kabuk gibi biyolojik kalıntılar da örnekleme sürecine dahil edilmektedir. Arazi çalışmalarımız, sucul ekosistemlerde istilacı türlerin izlenmesinden, yaban hayatı türlerinin habitat kullanımının belirlenmesine kadar geniş bir kapsamda sürdürülmektedir.
Örnekleme süreci, en hassas doğal alanlarda bile ekosistem dengesini bozmadan, bilimsel etik çerçevesinde gerçekleştirilir. Arazi ekibimiz, sucul ve karasal ekosistemlerde çok sayıda türün genetik izini sürmek için titizlikle çevresel veriler toplar.
Laboratuvar Analizleri
Laboratuvarda, araziden getirilen örneklerden DNA’nın izole edilmesi ve genetik analiz için hazırlanması süreci başlar. Su ve hava örnekleri filtrelenerek DNA molekülleri izole edilirken, toprak ve diğer biyolojik materyaller özel protokollerle işlenmektedir.
eGL’nin laboratuvarlarında kullanılan yeni nesil dizileme (NGS) teknolojileri sayesinde, genetik materyalin detaylı analizi yapılmaktadır. Yüksek hassasiyetli DNA ekstraksiyon protokolleri, en küçük miktardaki genetik materyali bile güvenilir şekilde analiz etmemizi sağlar. Bu süreç, nesli tehlike altında olan türlerin izlenmesi, istilacı türlerin erken tespiti ve biyoçeşitlilik haritalarının oluşturulması gibi birçok koruma projesinin temelini oluşturur.
Biyoinformatik
Biyoinformatik, çevresel DNA (eDNA) çalışmalarının temel analiz sürecidir. eGL'nin biyoinformatik ekibi, genetik verileri dizileme cihazlarından alarak analiz eder ve karmaşık biyolojik veri kümelerini anlamlı sonuçlara dönüştürür.
Öncelikle, dizileme sonrası biyoinformatik analizlerle su, toprak ve hava örneklerinde yer alan tüm organizmaların genetik izleri tespit edilir. Genetik veriler, tür tanımlama, filogenetik analiz ve ekolojik modelleme için kullanılarak biyoçeşitlilik veri tabanlarına katkı sunar. Biyoinformatik analizler, Türkiye'nin yerel genetik veri tabanlarını güçlendirerek ulusal ve uluslararası araştırmalara temel sağlamaktadır.