
doktora adayı
Pelin Taş
#HavadanÇevreselDNA #eDNAir #Bal #GıdaBiyoteknolojsi #Polen-Polinatörİlişkisi #YeniNesilDizileme #Metabarkodlama
Gıda sanayinde gıda güvenliği ve halk sağlığının kontrolü ve devamlılığının sağlanması amacıyla gıda mikrobiyolojisi alanında kullanılan moleküler biyolojik tekniklerden yararlanarak gıda ürünlerindeki taklit ve tağşişin belirlenmesiyle ilgilenmektedir. Bu tür gıdalarda hayvansal ve bitkisel türlerin tanımlanmasının yanı sıra biyoçeşitliliği etkileyen genetik modifiye gıdaların tespiti çalışma alanları kapsamındadır.
Önlisans programı sırasında İzmir Bornova’da Öküzgözü Şarapçılık Şirketinde üretim ve laboratuvar alanında, lisans programı süresince ise BAK-Gıda Tarım ve Ticaret A.Ş. de ve İtalya’da Teramo Üniversitesi’nde (Universita Degli Studi di Teramo) “Abruzzo Bölgeside Yetişen Üzümlerden Elde Edilen Köpüklü Şaraplar Üzerinde Yapılan Mikrobiyolojik ve Önolojik Araştırmalar” adlı araştırmaya Prof. Giuseppe Arfelli danışmanlığında katılmıştır. Lisans eğitimi sırasında bitirme tezi Yrd. Doç. Dr. Özge Şakıyan Demirkol danışmanlığında mikrodalga ile kurutulan gıdalarda farklı işlem koşullarının kurutma karakteristiklerine etkisi üzerinde tamamlamıştır.
Yüksek lisans eğitimi süresince moleküler tekniklerin uygulandığı birçok projede numunelerin arazi çalışmalarından biyoinformatik iş akışlarına kadar tüm sürecin başarıyla tamamlanması için çalışmaktadır. Özellikle gıdalarda (e)DNA (meta) barkodlamasına odaklanmaktadır. Çalışmaları esas olarak gıda sanayinde gıda güvenliği ve halk sağlığının kontrolü ve devamlılığının sağlanması amacıyla gıda mikrobiyolojisi alanında kullanılan moleküler biyolojik tekniklerden yararlanarak gıda ürünlerindeki taklit ve tağşişin belirlenmesi ve bu tür gıdalarda hayvansal ve bitkisel türlerin tanımlanmasıdır. Yüksek lisans tez konusu olan metabarkodlama ile balın botanik orijininin belirlenmesi çalışması başarıyla sonuçlandırılmış ve metabarkodlamanın bu üründeki işlevselliğini ortaya koymuş ve köken analizlerinde de kullanılabilir bir yöntem olduğu belirlenmiştir. Ayrıca benzer ürünlerde kullanılabilecek bir iş akışı sağlanmıştır.
Doktora eğitimi sırasında University of Neuchâtel ve University of Franche-Comté - Chrono Environnement işbirlikleriyle İkincil temas alanlarda Alplerdeki kelebeklerin mikrobiyomlarının araştırılması konusunda çalışmalara katılmış tezinde ise Gıda güvenliği ve izlenebilirliği kapsamında polen-polinatör ilişkisinin metabarkodlama yöntemi ile modellenmesi konusuna odaklanmıştır.
Pelin Taş, barkodlama ve metabarkodlama çalışmalarında aktif görev almaktadır. Ekstrem ortamlardaki biyoçeşitliliğin tanımlanması, müsilajın biyoçeşitlilik üzerine etkisi, eDNA ve eRNA’nın protokol optimizasyonu gibi farklı konularda çalışmalarına devam etmektedir. Ayrıca moleküler alandaki yeni gelişmeler ve araçları takip etmekte ve qPCR ile gerçekleştirilen rutin testlerden ddPCR gibi yeni teknolojilere, Illumina, Ion Torrent ve Oxford Nanopore dahil olmak üzere yüksek verimli dizileme yöntemlerinden biyoinformatiğe birçok alanda yapılan çalışmalara katkıda bulunmaktadır.
Projeler
*
Çevresel Örneklerin Taksonomik Tanımlanmasında Havadan DNA (eDNAir) Metabarkodlama (yürütücü)
*
Bandırma Körfezi ve Çanakkale Boğazı’nda Müsilajın Su Kolonunda ve Deniz Tabanındaki Biyoçesitliliğe Etkisinin Metabarkodlama ile Araştırılması ve Biyoizleme Belirteçlerinin Geliştirilmesi
*
Let It Bee (yürütücü)
*
A microbiome perspective to secondary contact in Alpine butterflies
*
Tr.Aqua: Gıda Arzı Güvenliği Çerçevesinde Su Ürünlerinde Yenilikçi Ve Sürdürülebilir Uygulamalar
Diğer Projeler
Yapay Zeka Algoritmaları ile Çoklu Omik Veri Entegrasyonu
Marnlı Habitatlarda Yetişen Dar Yayılışlı ve Yaygın Bitkilerin Polinatör Böcek Çeşitliliğinin eDNA Metabarkodlama Tekniği Kullanılarak Karşılaştırılması
Yüksek Lisans Tezi
Bal İçeriğinin Metabarkodlama ile Botanik Kökeninin Analiz Edilmesi
Günümüzde balda yapılan taklit ve tağşişin küresel bir sorun haline gelmesi ve mevcut olan her analizi yanıltıcı yeni bir hile yolunun bulunması nedeniyle farklı analiz yöntemleri geliştirilmektedir. Moleküler tabanlı yöntemlerden biri olan DNA barkodlama, farklı türlerin DNA’sındaki kısa genetik belirteçlerini referans dizilerle karşılaştırarak hızlı ve güvenilir biçimde tanımlanması olarak ortaya çıkmaktadır. Bu tanımlamayla genellikle türlerin ötesine geçerek yerel çeşitlerin ve dolayısıyla ürünün coğrafik kökeninin tanımlanması mümkün hale gelmektedir. Standart yöntemlerle karakterize etmenin ve yakalamanın zor olacağı birçok tür içeren örneklerin karmaşıklığını tanımlayabilen yeni nesil dizilemeyle birlikte metabarkodlama karmaşık materyallerdeki taksonomik bileşimin tanımlanmasında tarafsız bir yaklaşım olarak belirtilmektedir. Bu çalışmayla botanik kökeninin belirlenmesinde çevresel DNA kaynağı olarak baldan izolasyon yapılarak metabarkodlama yöntemine ait bir iş akışı sağlanmasıyla kullanılabilirliği araştırılmıştır. Balda yapılan taklit ve tağşişin belirlenmesinde mevcut analizlere alternatif olarak daha hızlı, daha ekonomik, daha düşük iş gücüne ihtiyaç duyan ve tür seviyesinde sonuç almaya imkan sağlayacak bir yöntem geliştirilmiştir.
Anahtar kelimeler: Metabarkodlama, Çevresel DNA (eDNA), Bal, Botanik Köken, Yüksek Verimli Dizileme
Ulusal Tez Merkezi’nden (https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/) 749495 tez numarasıyla çalışmaya ulaşılabilir.
